マニラ経由でセブに行きましたがマニラ空港での乗り換えは要注意です。
Terminal1:JAL等大体の航空会社の国際線
Terminal2:フィリピン航空専用
Terminal3:ANAやLCCの国際線、セブパシフィック
Terminal4:国内線(エアアジアも国内線はこちら）
と４つterminalがあるのですが乗り継ぎが非常に不便です。Terminal間無料シャトルバスはありますが1時間に１本しかありません。。。なので、乗り継ぎ時間は余裕を持った方が無難です。乗り継ぎ推奨時間：3時間以上らしいです。急ぎの場合はタクシーで移動しかありません(メーターtaxiで150ペソ位）。遅延が結構多いのでLCCとかでつなぐ場合は要注意です。
またTerminal1,2と3,4は離れているので渋滞時は20-30分位は覚悟が必要です。(スムーズなら10分位です。）
Terminal1のシャトル乗り場は外ではなくて中から入るので注意が必要です。一番右端に入り口があるのでチケットを見せて待合室に入ります。（これは外にありますが、柵で囲われていて外からは入れません。）尚、フィリピン航空の場合は専用のシャトルがあるので外に出て右端のシャトル乗り場で利用可能です。